De Stichting Voedingscentrum Nederland wordt via een instellingssubsidie gefinancierd van het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit en het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport.
Hiernaast ontvangt het Voedingscentrum projectsubsidies van de bovengenoemde ministeries en van andere subsidieverstrekkers zoals ZonMw.
Het Voedingscentrum accepteert geen financiële bijdragen van bedrijven. We werken wel samen met bedrijven in de vorm van een Publiek Private Samenwerkingen (PPS), bijvoorbeeld om folders te verspreiden via supermarkten. Daarvoor is deze Gedragscode opgesteld.
Jaarverslagen
Het Voedingscentrum brengt jaarlijks een jaarverslag uit, dat wordt gecontroleerd en goedgekeurd door een externe accountant (KPMG).